How to Install the software for NGS102 workshop

First of all you have to set up the Proxy for mahidol Internet 

 

sudo -i
[password]

TO BE ROOT

### open the gedit
gedit /etc/apt/apt.conf

#Then type 

Acquire::http::Proxy "http://user:password@proxy-sa.mahidol:8080/";
Acquire::https::Proxy "https://user:password@proxy-sa.mahidol:8080/";
Acquire::ftp::Proxy "ftp://user:password@proxy-sa.mahidol:8080/";

# Then "SAVE"

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### List of the software for NGS102 ###
JAVA 7
R base
R libraries (gsalib and ggplot2)
RStudio IDE
bwa
Samtools
Picard
GATK 2.8
htslib

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sudo -i
[password]

TO BE ROOT

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### R base -> There will install R 2.14
 
apt-get install r-base-core

### Run R using command
R

### Install package using (If you use mahidol internet the install package by this way is not work, you can try at your home internet)

install.packages("gsalib")
###### Choose the server "may be Thailand"
install.packages("digest")
install.packages("ggplot2")
### quit R using
q()

#Then

choose "n"
-> Enter

### Install "RStudio IDE" by double click file "RStudio IDE" on Folder "NGS102"
###### Test installed by press on home button on keyboard then type "R"

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### Install "bwa" using command
apt-get install bwa
###### Test installed picard using command
bwa

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### Install "samtools" using command
apt-get install samtools
###### Test installed picard using command
samtools

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### Install "picard" using command (This is only picard-manual, you may need to download and unzip the file. you will get the jar file then use them with java)

apt-get install picard-tools

###### Test installed picard using command
 
man picard-tools



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### Install JAVA
###### Check Java version
java -version

###### install JAVA (This update may not work with mahidol internet, you may try this command at home)

sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/java
sudo apt-get update
sudo apt-get install oracle-java7-installer
sudo update-java-alternatives -s java-7-oracle
###### Check Java version
java -version

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### Install GATK 2.8.1 and htslib
###### unzip 2 files
cd /home/Each-userXXXX/NGS102
tar xjf GenomeAnalysisTK-2.8-1.tar.bz2
unzip htslib-master.zip

###### Install GATK
cd GenomeAnalysisTK-2.8-1-g932cd3a/
###### Test GATK
java -jar GenomeAnalysisTK.jar -h

###### Back to NGS102 directory
cd ..

###### Insatll htslib
cd htslib-master/
make
###### Test htscmd
./htscmd










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### Install IGV ###

apt-get install igv





#################################################################################### ############ END END END END END END #######
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### NOT HAVE TO DO ###
gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E084DAB9
gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -
gedit /etc/apt/sources.list
# Add
# deb http://cran.ma.imperial.ac.uk/bin/linux/ubuntu precise/
sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base

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